שלב התכנון בהתחדשות עירונית הינו מורכב בשל הצורך בשילוב נפחי בנייה גדולים מהקיימים והמתוכננים במרקם הקיים תוך שמירה על מאפיינים איכותיים קיימים, ויצירת מרקם עירוני מגוון ואיכותי. תוצר תכנוני איכותי הוא זה המאזן בין הצרכים והאינטרסים השונים, משלב את הבינוי החדש במרקם המבונה והחברתי הקיים, ויוצר מרחב ציבורי איכותי, רציף והמשכי למרחב העירוני הקיים. לכל מסלול התחדשות ישנם שלבי תכנון שונים.
המדיניות העירונית להתחדשות עירונית מפרטת את שלבי התכנון, הכוללים גם דגשים והיבטים חברתיים, בפרויקטים של פינוי בינוי או בתמ”א 38.